Среди кустарниковых зарослей японская соня устраивает свои маленькие шарообразные гнезда, искусно сплетенные из веточек и листьев. Они, как и у орешниковой сони, составлены из двух слоев. Наружная оболочка представляет собой сложное и довольно прочное переплетение из сухих и зеленых листьев, веток и мелких сучков. Внутренняя камера - это плотный мягкий шар, свитый из мягкого луба, травы, шерсти. В наружную стенку часто вкраплены кусочки мха, лишайника, что прекрасно маскирует убежища в кустарнике. Поселяются японские сони в дуплах, и в птичьих гнездах, и в скворечниках, и в жилых домах. Зиму они проводят в спячке, спускаясь в ущелья и лощины, где зимуют под землей или под грудами камней, а также в чужих норах. У этого вида отмечено оцепенение и летом, при резком понижении температуры. Летняя летаргия кратковременная, продолжается всего несколько дней.

Период размножения сильно растянут, беременные и кормящие самки встречаются с июня по октябрь. До сих пор неясен вопрос, сколько выводков может принести за активный сезон японская соня. Одни исследователи склоняются к одноразовому размножению у этого вида, другие предполагают наличие повторного размножения. Беременность длится около месяца. В выводке может быть от двух до семи детенышей, но чаще всего их бывает три-пять.